専用の器具（リーマーやファイルなど）で細菌で汚染された歯髄（神経）や根管壁を除去します。

電気抵抗を利用して根管の長さを測ります。

根管内の消毒を行います。

根管内に薬剤を詰めて殺菌や病巣の治療を行い、その上から仮に蓋をします。症状により何度か薬剤を詰め替えます。
根の状態が悪い場合、治療は長期になることもあります。

根管内がきれいになれば再感染を防ぐため、根管の空洞に薬剤を詰める処置を行います。
ゴムのような薬剤（ガッターパーチャーポイント）を詰めます。

根の先まで薬がつめられたかどうか確認のためにレントゲンを撮ります。